四月，靈帝駕崩。大將軍何進掌權，與司隸校尉袁紹合謀誅殺宦官。而何太後不肯下詔，於是何進、袁紹私招董卓領兵進京，以此逼迫何太後。董卓得知，立即動身。同時，董卓上書彈劾中常侍張讓等人。 　　但是不久後何進又反悔，派諫議大夫種劭勸阻董卓進京。種劭在黽池見到董卓，要求董卓返回河東郡去討伐流亡匈奴單於於夫羅，董卓不從，繼續上書辯解，並進入河南尹。 　　迫於董卓進軍的壓力，何太後終於同意下詔罷免宦官。 　　董卓率軍抵達雒陽城外時，種劭出城勞軍時再次要求董卓撤軍，董卓指使士兵上前威脅種劭，種劭大怒，斥責董卓，董卓自知理虧，便率軍西撤至洛陽城二十裡外的夕陽亭 　　中平六年（189年）八月二十五日，大將軍何進與司隸校尉袁紹謀誅諸閹官，太後不從。於是，朝廷征召董卓使將兵到京師，並密令董卓上書曰：“中常侍張讓等竊幸乘寵，濁亂海內。昔趙鞅興晉陽之甲，以逐君側之惡。臣輒鳴鐘鼓如洛陽，即討讓等。“準備脅迫太後。董卓未至，何進已經被宦官謀殺。憤怒的將士們攻殺宦官。何進部將吳匡等人聯合了董旻（董卓之弟，時任奉車都尉）攻殺了車騎將軍何苗。中常侍段珪等劫持皇帝逃走。 　　董卓望見雒陽上空濃煙滾滾，才得知朝廷發生重大變故，於是急忙下令進軍，二十八日天未亮，董卓才抵達顯陽苑，打聽到中常侍張讓等人劫持皇帝劉辯上了北邙山，於是又向北邙山趕去。 　　在北邙山下，驚魂未定的劉辯見到飛馳而來的董卓軍，嚇得大哭。董卓終於在北邙山迎救了皇帝，然後還宮。董卓見到了公卿百官的迎駕隊伍，太尉崔烈在前引導，嗬斥董卓回避，董卓指著崔烈罵道：“我日夜兼程跑了三百裡路，你現在說什麼回避？信不信我砍下你的腦袋！”隨後，董卓進入迎駕隊伍，先拜見劉辯，又伸手去從閔貢懷中抱陳留王劉協，一說劉協不肯，董卓隻得與閔貢並馬而行，一同入城。少帝劉辯害怕董卓的兵，見了就哭，群臣勸董卓退兵，董卓反問道：“諸位公卿身為國家大臣，不能匡正王室，致使國家動蕩，天子流落在外，你們哪有讓我退兵的理由！”最終一起入城。 　　當時，大將何進的部曲（例如張遼）、車騎將軍何苗的部曲都無所歸屬，隻能聽命於董卓。董卓又引誘呂布殺害執金吾丁原，吞並了呂布等並州人的軍隊，如此董卓掌握了雒陽的所有軍權。原大將軍府幕僚鮑信不肯歸附董卓，向袁紹提出誘殺董卓的計劃，袁紹不敢，鮑信則棄官逃亡。朝廷罷免司空劉弘，派使者到顯陽苑拜董卓為司空。 　　之前在接駕的過程中，董卓向劉辯詢問事變經過，劉辯語無倫次，而劉協卻能表述清楚，董卓知道劉協是董太後撫養長大，號“董侯”，董卓又自認為與董太後同族，於是心生歡喜，萌生廢劉辯、立劉協之意。 　　董卓邀請袁紹到顯陽苑商議廢立，袁紹不同意，提出要去請示自己的叔父太傅袁隗。袁紹說：“恐怕大多數人都不會同意你的意見！”董卓聞言大怒：“豎子！天下事豈不決我？我今為之，誰敢不從？爾謂董卓刀為不利乎！”袁紹反譏：“天下健者，豈唯董公？”然後拿著佩刀作揖而去。董卓知道袁紹的聲望地位，也拿他沒辦法。董卓將廢立之事匯報給太傅袁隗，袁隗同意，袁紹因而棄官逃亡至冀州勃海郡。 　　八月三十日，董卓在朝會上提出廢立之事，並以霍光事為例，自比田延年（誰反對就立刻處死），滿朝文武隻有尚書盧植站出來抗辯，董卓被頂撞得無言以對，氣得罷會。後來董卓還想尋找機會殺害盧植，但被蔡邕、彭伯勸阻，盧植則棄官逃亡。 　　九月一日，尚書丁宮在崇德前殿主持廢立儀式，太傅袁隗將劉辯扶下禦座，解除玉璽印綬並轉交給劉協，然後扶劉協正式登基，是為獻帝。緊接著，董卓讓尚書宣讀策文，並彈劾何太後害死董太後的罪責，將其遷入永安宮。九月三日，何太後被毒殺身亡。董卓不允許朝廷為何太後舉辦喪禮，而是讓劉協到雒陽城內奉常亭表示哀悼，公卿大臣們穿白衣上朝三天。 　　九月十二日，朝廷遙封遠在幽州的幽州牧兼太尉劉虞為大司馬（上公之位），董卓由司空改任太尉，兼領前將軍，加節，賜斧鉞、虎賁，更封郿侯。 　　九月末，董卓與司徒黃琬、司空楊彪一同攜帶鈇锧到朝堂上書，要求為建寧元年（168年）九月政變時，被政治定性（誣陷）為叛賊的陳蕃、竇武以及次年（169年）在“第二次黨錮之禍”中被捕遇害的眾多黨人平反。劉協（袁隗）準奏，恢復陳蕃等人的爵位，並提拔他們的子孫為官。 　　董卓親近周毖（周慎之子），伍瓊，原大將軍府官員何顒、鄭泰也成為其幕僚。董卓在幕僚們的建議下，親近士人，征召名士（如：荀爽、韓融、陳紀）入朝為官，找書苑 ｗww.zhaoshuyuan.cｏｍ 其中，蔡邕成為董卓最信任的幕僚。 　　同時，董卓又選拔大量名士（如：韓馥、劉岱、孔伷、張谘、孔融、應劭、張邈）擔任地方太守等要職，甚至不計前嫌，對厭惡自己而棄官而走的袁紹、王匡、鮑信等人授以太守，以示和解。 　　十月三日，董卓趁著何太後遺體下葬的時候，開啟文陵（漢靈帝陵墓）時，使人偷取其中珍寶。 　　董卓仗著軍權的威勢，放縱士兵在雒陽城內劫掠富戶，搜刮財物，奸淫婦女。 　　十一月一日，董卓自拜相國，有“入朝不趨，劍履上殿”的特權，自此董卓在朝廷中的權勢已經如日中天。董卓又封自己的母親為“池陽君”，設置令、丞。 　　董卓性格殘忍，好用刑法立威。侍禦史擾龍宗拜見董卓時忘了解除佩劍，董卓借題發揮，下令將其活活打死；又指使人將何太後的母親舞陽君殺害，甚至將何苗的遺體從墳墓中挖出來肢解扔在園林之中。大司農周忠的兒子周暉聽說雒陽變故，故至雒陽，董卓非常厭惡他，派兵將其劫殺。 　　張揚、曹操、衛茲等人都在地方招兵買馬，試圖對抗董卓執政，東郡太守橋瑁甚至偽造三公文書散發到各地州郡政府，陳述董卓罪惡，呼籲各地起兵反董，恢復劉辯的帝位。 　　初平元年（190年）正月十二日，董卓使弘農王郎中令李儒毒殺劉辯，以斷絕橋瑁等反董聯軍的政治企圖。 　　廣陵郡功曹臧洪說服太守張超，聯合其兄陳留太守張邈一同舉兵，兗州刺史劉岱亦加入，在酸棗舉兵，自此關東反董之勢如野火燎原。