歷史上吳有性寫出《溫疫論》的背景是崇禎末年的大瘟疫，那場瘟疫全國橫行十戶九死，河南、河北、山東、浙江等人口聚集區，“五六月間，一巷百餘家，無一家僅免，一門數十口，無一口僅存者”。 　　一些學者認為滿清能夠成功入關也和這場大瘟疫不無關係，起義軍反復騷擾幾遍都還沒有崩潰的河南河北，清軍一到卻幾乎是望風

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