就這麼又過了十多年，在慶長元年底（1596年），一艘西班牙商船“聖菲利普號”因為臺風迷航無意中漂泊到了四國島的土佐，由於語言不通被當做來路不明的敵人扣押了起來。

  豐臣秀吉聽說之後，派手下得力大臣前去處理。在審問船員的過程中，船長可能是因為害怕或者被動了刑，把實話給說了出來，傳教士的真實目的是蠱惑民眾顛覆統治。

  這下可把豐臣秀吉給嚇壞了，他手下就有多位大名改信了天主教，比如率兵入侵朝鮮的小西行長。如果傳教士們真的有一天想造反，自己保不齊就得被手下人先刺殺了。

  上位者一旦感覺到有人威脅到了自身的安全，大多會采取寧可信其有不可信其無、錯殺一千也不放過一個的態度。豐臣秀吉當然也不例外，馬上就展開了對日本天主教徒的清洗。

  先是在天主教最盛行的長崎燒死了26個傳教士和信徒，然後又逼著信奉天主教的大名改信其它宗教。一下子把天主教的發展勢頭完全遏製住，除了九州島之外教眾數量銳減。

  如果照這個趨勢下去，天主教很快就會從日本被連根拔除。不知道是幸運還是倒黴，此時豐臣秀吉突然病死了，繼任者豐臣秀賴年紀太小，無法主持大局。

  於是德川家康的東軍開始和西軍爭奪幕府的控製權，不光顧不上清理天主教還得依仗傳教士從葡萄牙和西班牙海商手裡購買火槍和火炮，日本的天主教算是獲得了寶貴的喘息機會。

  可是等德川家康贏得了戰爭，獲得了幕府控製權之後，開始推行理家和儒家思想，強調對君王的無條件服從。這下又和天主教的思想產生了無法和解的沖突，怎麼看怎麼不順眼。