這段時間她在找一種能夠抑製一種遺傳性疾病相關酶的分子,她測試了數百種候選物質,有3款候選,但還是沒有達到她的預期,還需要繼續測試下去。
這天,公司信息部門的負責人卻把她叫進辦公室,並向她介紹了李揚,李揚是愛英集團的一名數據科學家,之前一直都是在愛英生物數據中心部門做數據支持工作。
崔敏進門之後。
“您好,我叫李揚,是公司這邊數據科學家,公司這邊近期開發了一種新的生成模型,可以幫助到你的科研項目。”李揚卻是開門見山,沒有半點客套。
崔敏倒是比較喜歡這種溝通方式,因為足夠的節省時間。
“你好,我是崔敏,公司的高級化學家,怎麼幫?”
崔敏對李揚說的話卻是持懷疑態度。生成模型她當然知道,不過可靠性還有準確性卻是很讓人懷疑。而且從心底裡,她也不認為一個生成模型就能夠取代人類的專業知識和直覺。
不過本著這段時間在愛英生物科研的良好體驗,她也沒有拒絕。
之後李揚跟著崔敏來到她的實驗室,在那裡李揚將他的筆記本電腦連接到她的工作站上。
他打開了一個應用程序,顯示了一個看上去非常簡單的操作界麵,並有幾個選項和參數。
“在開始之前,我們需要確定一下目標從屬性。”李揚說道。“比如說,你想要找到什麼屬性的分子,當然這塊兒說起來比較復雜,有沒有關於你的候選物質的結合親和力的數據?”
“有。”崔敏說著,示意了一眼不遠處的她的助理,她的助理快速地在電腦上操作起來,片刻功夫之後,就呈現了一組數據。
“好的,接下來我把它們上傳到這個模型裡。”李揚說著,拿出手機,直接拍下了相關數據,一頁,兩頁,三頁.拍攝的同時,相關的數據信息片刻功夫之後,就已陸續呈現在了電腦屏幕上。
“你們可以對一下,看看數據有沒有錯漏,沒有的話,我就讓他運行了。”李揚說道。
崔敏點點頭,稍作檢查之後。
“沒問題。”
李揚輕點之後,這個界麵初步運行起來,進入下一頁。
“好了,現在我們可以設置我們想要生成的 IC50值範圍。”李揚說道。他在屏幕上移動了兩個滑塊,直到它們顯示為 0-10 nM。
崔敏微微有些驚訝李揚的操作,但也沒說什麼。
“這個小的數值?”崔敏助理卻是直接驚訝道,一般ic50的數值越小,說明抗體的特異性能越強,效果越好。“我們現在還沒有一個候選物質有這麼低的 IC50值。”
“待會兒就知道了。”李揚笑著說,表現的卻是非常有自信。“它可以探索你沒有探索過的化學空間區域。”
他點擊了另一個選項,允許他為生成分子指定一些額外約束條件。
“我們還要確保我們的分子是類藥物化合物。”畢竟是愛英集團高薪挖來的數據師,在這裡工作這麼長時間了,一些普通的專業知識,他已經理解了不少。所以往往還未等崔敏說什麼,李揚就已經打開了對應頁麵。
“這意味著它們應該具有合理的分子量、logP值、溶解度等等。我們可以使用一些常見過濾器,如 Lipinski的五規則或 QED分數來篩選掉不理想的化合物。”
他在屏幕上勾選了一些框,並相應地調整了一些閾值。
“還有別的嗎?”他問崔敏。
“嗯,需要避免那些與我已經擁有的分子太相似的分子。”崔敏說道。“不用浪費時間和資源在測試重復或近似重復的化合物。”
李揚點點頭,而後在 Tanimoto相似性係數的截止值處輸入了 0.8,這是一種常用的比較分子結構的指標。
“那就開始了?”李揚轉頭又問。
崔敏輕輕嗯了一聲。
隨後點擊了一個標有“生成”的按鈕。模型開始工作,在屏幕上顯示一個進度條和一些統計數據。Alice緊張地觀看,想知道是否會有任何有用的東西出現。
大約 3分鐘後,模型完成了 1000個滿足所有條件的分子的生成。它根據它們預測的 IC50值對它們進行排序,從最低到最高,並以表格格式顯示它們為 3D結構。它還突出顯示了它們的關鍵特征,如功能團、環或雜原子。
這一刻的崔敏再沒了之前的從容,一臉不敢置信。
她走到電腦前,快速地滾動界麵,仔細地看著每個分子。而越看,驚訝也就越大,這些分子確實是多樣化和創新性的,顯示出不同於她候選物質的骨架、取代基和連接方式。其中一些看起來很熟悉,類似於已知藥物或天然產物;另一些則完全陌生,展示了一些她從未見過的結構。她選中了一個分子,它有一個復雜的環狀結構,上麵有一些氧和氮原子。
崔敏頭也不回地對李揚問道,“這個分子能合成嗎,有合成路徑嘛?”
“當然。”李揚點點頭。“我們的模型不僅可以生成分子結構,還可以生成合成路線。你隻需要點擊這個按鈕,就可以看到詳細的步驟和反應條件。”
說著李揚移動鼠標,在一個位置上稍稍停頓示意給崔敏看了之後,找書苑 www.zhaoshuyuan.com 才輕輕點擊了一下,屏幕瞬間跳轉到了一個新窗口,顯示了該分子的合成路線。它包括四個步驟,每個步驟都給出了所需的試劑、溶劑、溫度和時間。
“我從沒想過能用這種方式設計和合成新藥。”崔敏臉上的震驚依舊,但已是抑製不住的笑意。
這個對她來說,實在是太有用,太好用了。
“崔老師,我是不是要失業了?”一旁的崔敏助理卻是苦著臉,因為剛才的這些工作,就是他平日裡做的工作,但可以肯定的是,他幾個月的工作量也比不上這個係統幾分鐘的結果。
這一刻,他感覺自己之前的工作,完全失去了意義。
“暫時不會,你可以做些其他的,”崔敏頭也不回的說道,此刻她在不斷的點擊一個又一個的化合物的合成路徑。
眼神間盡是驚喜。
(本章完)