自從上次兩人打電話,盛夕向錢餘“訴了一番苦”之後,二人這“晚間通話”的習慣,就在無形中被打破了——要不就是盛夕先回到宿舍,可因為熬不住,於是她給錢餘在微信上留個言,然後早早地睡了;要不就是錢餘先躺床上,給盛夕發條微信,然後默默地等著,再然後……天就亮了,睜開眼睛,他才看見盛夕的留言: 「太晚了,我就不給你打電話咯。 你早點休息。」 兩人不斷地“錯過”,於是漸漸地把“爽約”當成了“常態”,就連周末也是如此。 錢餘覺得他倆不能再這麼下去了——且不論“十一”過後,盛夕能不能“請假”和自己去領證,就沖著二人這“一周都聊不上幾回”的勢頭,若長此以往,今後兩人這關係要如何經營、維係,恐怕都是個問題。 自從錢餘和盛夕談起了戀愛,除卻重大考試的日子,他倆都是“雷打不動”,按時打電話“訴衷情”的——這“相隔千裡”的阻礙都熬過來了,如今同在一城,卻過上了“既見不上麵,又說不上話”的日子,如此繼續下去,可還得了? 錢餘頓時感覺到了危機,他快速吃完了飯,給盛夕發了條微信——他倆得找個時間,好好地聊一聊…… 明明“近在咫尺”,卻時常見不到彼此的情侶,當然少不了陳幸和郭子昱這一對。不過很顯然,這二人並不像前者那般在意——也許錢餘和盛夕是典型的“由奢入儉難”吧,好不容易都在大學城裡讀研,可卻過上了完全“不如”異地戀的日子,心裡自然有落差。而陳幸和郭子昱這兩人,總是有空了才見麵,就算沒時間通話,也能靠著先後在微信上留言,斷斷續續地聊上“十天半個月”,二人早已習慣平平淡淡、細水長流,所以自然沒有太多“期盼”。 正當錢餘收起手機,再次進入實驗室的時候,陳幸倒是尋了個空閑,結束了大半天的實驗,往附屬醫院走去——難得郭子昱這周周末不用值班,於是陳幸迅速做完了實驗,前往郭子昱所在的醫學實驗樓。 七夕剛過,郭子昱的投稿文章就有了下文——期刊編輯將審稿意見發回,鼓勵作者補充實驗後,再將文章投回本期刊。至此,郭子昱的“研究生日常”,除了跟著導師下門診、入病房、值夜班,更多的時間便是一頭紮進實驗室,根據審稿人的要求,做起了各類補充實驗,完善結果。 可如今快半個月過去了,他卻沒有太多的進展。眼看著編輯規定的“返修期限”越來越近,郭子昱充分感受到了“deadline”一詞的含義。 所謂“deadline”,通常指“某事必須在該時間點之前完成”,即“最終期限”。但它的本義,卻是非常淺顯的字麵意思——畫在監獄裡或其周圍的一條“死亡線”,犯人一旦越過,將會有被射擊的風險。 而對郭子昱而言,這“deadline”更像是一份“最後通牒”,若無法按時將文章按要求投回,恐怕要“掛”的就是他自己了。 “你妹的——這蛋白我跑了第三輪了啊……” 陳幸剛走到門禁外,就聽到裡間的那一聲“吶喊”。 郭子昱在發脾氣? “我應該沒聽錯吧?”陳幸自言自語了一會兒,然後拿起了電話。 郭子昱感受到兜裡的震動,於是掏出手機,接著壓了壓心中的“火氣”,這才按下了接聽鍵。 “難得聽見你‘爆粗’啊。”陳幸想要緩和一下氣氛,“嘻嘻,快出來接我。” 陳幸並非附屬醫院的實驗人員,所以沒有門禁卡,隻能讓郭子昱親自出來,把門刷開後再放她進去。實驗室距離樓層門禁還有一段距離,可方才陳幸卻能聽得清清楚楚。可想而知,郭子昱剛剛“發火”時,吼得有多大聲。 “今天實驗室就你一個人啊?” 郭子昱點了點頭:“這大周末的,除了值班的,估計都在補覺吧。” “你要補充的實驗很多嗎?” “一些小的實驗已經補充完整了,就是這蛋白……”郭子昱很是煩惱,“唉,隻怪當年實驗室選的那家生物公司不太靠譜,我們托他們做的那個蛋白抗體效價不高。每次一做Western,我就犯愁。” “Western”,全稱“Western blot”,即“Western印跡”、“蛋白免疫印跡”,也是大夥通常所說的“蛋白實驗”、“跑蛋白”。該實驗操作大致包括蛋白電泳、轉膜、抗體孵育、顯影。 簡單來講,就是先讓蛋白質變性,然後利用電泳手段,將該蛋白按分子量大小,在電泳膠中進行分離。緊接著利用電場作用,將膠上的蛋白條帶,轉移至印跡紙上。然後,將該印跡紙孵育特定的蛋白抗體。這一抗體俗稱“一抗”,即“第一抗體”,其須能與該蛋白發生特異結合。接著孵育配對“一抗”的通用商業抗體“二抗”,也俗稱“抗體的抗體”。 抗體的宿主物種來源,包括了鼠、兔、羊、驢等等。譬如,若“一抗”為兔源,則“二抗”為其它物種的“抗兔二抗”,如“驢抗兔二抗”、“鼠抗兔二抗”等等。 最後,進行蛋白條帶顯影。以上方法,可以根據抗體的結合作用,用來檢驗該蛋白的濃度。 抗體效價不高,通俗來講,一般指該抗體與目的蛋白的結合能力不足,導致最後顯影效果不佳,無法清楚說明該蛋白的濃度高低。 郭子昱接著訴苦:“我已經調整過三次實驗方案了,可如今得到的蛋白圖,還是很模糊。我實在是‘沒轍兒’了。” “難道現在要找其他公司,重新做一管抗體嗎?可就算是做成了,這時間上肯定也來不及了。”郭子昱掰起了手指,數了數剩下的日子,“唉,deadline、deadline,我感覺我就要變成‘dead’的了……” “你別慌啊!”陳幸安慰道,“你有沒有試過‘加大樣本量’,或者……‘增加抗體濃度’、‘延長抗體孵育時間’之類的?” 郭子昱又點了點頭,回答道:“都試過了,而且這抗體的稀釋比例、孵育時間、‘二抗’濃度,都是師兄師姐之前摸索好了條件,我們一直‘套用’的。我昨天還特地稀釋了一支新的抗體呢!”郭子昱垂頭喪氣,“幸兒,我是真覺得自己不擅長做科研……” 之前郭子昱“倒苦水”,通常都是“開玩笑式”的“假正經”,說過就算,陳幸隻當他是發發牢騷。唯獨有一次,令陳幸印象最為深刻——那是兩人剛在一塊兒,談戀愛還不到一周的時候。當時郭子昱所在的課題組,手頭上的肺癌臨床數據不足,又沒有多餘的經費請公司做生物芯片,因此,他的導師希望能從公共數據庫中,獲取可用的臨床數據,從而挖掘潛在的“肺癌耐藥相關因子”……於是,導師便將這重要的任務,交給了入學半年的郭子昱。 全球可供免費獲取的醫學公共數據庫倒是不少,當時腫瘤醫生用得最多的,當屬美國國家癌癥研究所開發的“癌癥基因組圖譜”數據庫,又稱“TCGA(The Cancer Genome )”。該數據庫涵蓋了33種腫瘤類型,上傳了多方研究者提供的癌癥臨床數據,包括腫瘤組織、正常組織、癌旁對照組的各項圖譜——基因組、轉錄組、表觀基因組、蛋白質組數據,以及患者的腫瘤病理、癌癥分期、生存情況等。 從網上獲取原始數據並下載,倒也難不倒郭子昱,令他頭疼的,主要是後期數據的處理問題。 TCGA提供的數據集,樣本量非常大。每一個樣本,均以字母和數字的組合來命名,以便於相互區分並歸類。因此,數據使用者需要有一定的計算機編程基礎,例如R語言、Python、Perl或Linux操作係統等等。同時,使用者必須具備紮實的統計學理論知識,才能利用這些語言編輯器,從龐大的數據中獲取自己想要的“精髓”部分。 郭子昱雖然有統計學的底子,本科也修過《生物信息學》,但他的信息學基礎相對薄弱——如今讓郭子昱直接上升到應用層麵,他自然是吃不消的。 “我每天看著這一行接一行的R語言代碼就‘頭大’……”郭子昱向陳幸訴苦,“還不如讓我值一周的大夜班呢!” 陳幸建議道:“問問你的師兄師姐啊,他們應該也做過類似的數據處理吧。” “做倒是做過,不過啊,那些代碼啥的,基本上都是從網上‘復製粘貼、生搬硬套’的,沒有多少是屬於‘自己的東西’。” 網上的相關代碼“滿天飛”,可謂“五花八門”。雖然大多也能“殊途同歸”,但這些代碼畢竟是“提供者”自己寫的,找書苑 www.zhaoshuyuan.com 需要“使用者”逐字逐句看懂。有時一旦更改了某個看似“無關緊要”的代碼,便可能出現“係統報錯”,或者得出“南轅北轍”的處理結果。 還有不少生物相關行業,開始專程開班授課,教授廣大科研人員如何利用R語言,對各大數據庫的數據進行分析處理。 當時陳幸進實驗室也不過半年——正值入校第四載,她邁入研究生預備期,日常主要是熟悉實驗操作。盡管陳幸的信息學基礎紮實,但她也從未接觸過如此龐大的數據處理。於是在郭子昱“一吐為快”之後,陳幸便求助於自己實驗室的各位“前輩”。 “TCGA提供的代碼有些繁瑣,而這網上的呀,終歸不是自己寫的,用著總還是有些不放心的。” 有位師兄倒是很欽佩:“小師妹這是提前做功課呢,先把數據處理學會了,到時候啊,你就能自己從數據庫中挖掘課題了……” 帶陳幸做實驗的師姐也很熱心:“我手頭上有現成的代碼,你到我電腦上拷貝一份就行。不過呢,你最好還是自己親自寫一套,這樣以後用著也放心不是?” 郭子昱覺得陳幸的“前輩們”說得有理,於是他咬了咬牙,狠下心,充值了某個生物培訓機構的“VIP終身會員”,下決心“從頭學起”,一步一個腳印。陳幸也陪著他,從基礎R語言學習,到利用代碼下載並處理數據,直至從數據庫中發現潛在的“癌癥相關因子”……兩人一路扶持,最終,郭子昱總算是“過五關、斬六將”,解決了自己科研生涯的“第一道難題”。